房屋产权与土地使用权同时登记原则。 房屋作为一种不动产，它依附于土地而存在。房屋可以作为私有财产归个人所有。我国土地 实行国家所有和集体所有，个人不能取得土地所有权。因此在进行农村房屋产权登记时，必须将房屋产权与土地使用权同时登记，使房屋的所有权和该房屋占用范围内的土地使用权权利主体一致。
协调配合原则。 农村房屋登记牵涉到许多政府职能部门，如土地管理部门、城建规划部门、房屋管理部门等。在农村房屋登记过程中，各个部门须密切配合，信息共享。
救济原则。 就是房屋登记机关及其工作人员或者他人的不当行为造成登记不当或给使权利人受到损害，权利人有权要求撤销登记或者赔偿损失，并追究相关人员的行政责任或者刑事责任。
1、撤销登记。因当事人在申请登记时隐瞒真实情况或者伪造有关证件、文件，采取非法手段获准登记的;或者房地产行政主管部门因工作疏忽导致核准登记不当的。由房屋登记机关决定撤销全部或者部份登记事项，并公告其房屋权属证书作废。
2、 赔偿损失。 因登记机关及其工作人员无正当理由不受理登记申请、不按期办理登记申请或者工作疏忽，核准登记不当，致使权利人受到经济损失的，登记机关应对当事人的直接经济损失负赔偿责任。
3、 追究行政责任或刑事责任。当事人 以虚报、瞒报房屋权属情况等非法手段获得房屋权属证书的;涂改、伪造房屋权属证书的;非法印制房屋权属证书的，登记机关依法给予行政处罚;构成犯罪的，依法追究刑事责任。登记机关及其工作人员玩忽职守、徇私舞弊、贪污受贿，滥用职权、超越管辖范围颁发房屋权属证书的，依法给予行政处分;构成犯罪的，依法追究刑事责任。