根据《最高人民法院关于印发修改后的＜民事案件案由规定＞的通知》“与公司有关的纠纷”的规定，与公司有关的纠纷的案由有以下24项，具体为：
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股东资格确认纠纷、股东名册记载纠纷、请求变更公司登记纠纷、股东出资纠纷、新增资本认购纠纷、股东知情权纠纷、请求公司收购股份纠纷、股权转让纠纷、公司决议纠纷（包括公司决议效力确认纠纷、公司决议撤销纠纷两种）、公司设立纠纷、公司证照返还纠纷、发起人责任纠纷、公司盈余分配纠纷、损害股东利益责任纠纷、损害公司利益责任纠纷、股东损害公司债权人利益责任纠纷、公司关联交易损害责任纠纷、公司合并纠纷、公司分立纠纷、公司减资纠纷、公司增资纠纷、公司解散纠纷、申请公司清算、清算责任纠纷、上市公司股权纠纷包括的范围比较广，可能是股东资格确认纠纷、股权转让纠纷也可能是公司决议纠纷、损害公司股东利益纠纷等案由，因此公司股权纠纷具体还要看纠纷的来源及争议焦点，再确定是哪一个案由。
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我国公司法第111条规定，股东大会、董事会的决议违反法律、行政法规，侵犯股东合法权益的，股东有权向人民法院提起要求停止该违法行为和侵害行为的诉讼。这条规定，似乎是指股东对股东会决议存在瑕疵时有诉权，但该规定过于笼统。在实践中很难操作，主要问题有：（1）起诉的条件仅是股东会决议或董事会决议违反法律、法规的规定，如果是违反章程的规定是否有权起诉；（2）股东在诉讼中应具备何种条件，是否有持股比例的限制；（3）本诉的被告是谁，公司还是股东或董事个人；（4）“违反法律、法规”和“侵犯股东合法权益”并列，是指股东提起诉讼必须同时具备的条件还是指有权提起诉讼的两种情形，如果是指前者，当决议的内容、程序均合法而该决议确实损害小股东的利益时，该小股东是否有诉权；（5）股东有权申请停止违法行为和侵害行为，如果这种行为造成实际的损害结果，该股东能不能要求损害赔偿。⑽正是因为存在这些问题，在审判实践中，各地法院对同一类纠纷，既有公司当被告的，也有董事或代理人或其他股东当被告的多种情况，裁判的结果也很不统一。
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